Al-Muhajirin adalah lembaga pendidikan Islam yang telah berdiri sejak tahun 1993. Pembelajaran dilakukan dengan mengintegrasikan kurikulum pesantren berbasis kitab kuning dan bahasa dengan kurikulum sekolah berbasis standar nasional. Semua santri diwajibkan tinggal di asrama dengan program pembinaan berupa pembiasaan shalat berjamaah, shalat dhuha, puasa sunat, dzikir pagi dan sore, kajian kitab kuning, percakapan bahasa Arab dan Inggris, tahsin dan tahfidz al-Qur’an.
Selain sistem pendidikan berbasis salaf yang diterapkan oleh pondok pesantren Al-Muhajirin sebagai metode pembelajaran, Pondok Pesantren Al-Muhajirin juga berusaha mengembangkan pendidikan berbasis pengembangan kreativitas, intelektualitas, spiritualitas, dan bakat minat santri. Pendidikan ini bertujuan untuk mengembangkan dan memperluas khazanah santri dalam menggali ilmu pengetahuan. Sampai saat ini, pondok pesantren Al-Muhajirin telah berhasil membudidayakan kemampuan tersebut untuk kepentingan banyak pihak.
Tentunya, pendidikan ini tidak serta merta menjadi tujuan utama dalam proses belajar mengajar di pondok pesantren Al-Muhajirin. Meskipun pendidikan ini termasuk bagian dari usaha pondok pesantren Al-Muhajirin dalam mengembangkan visi misinya, namun pendidikan salaf (pengajian kitab kuning) tetap menjadi prioritas utama bagi santri pondok pesantren Al-Muhajirin.
Sampai saat ini, pondok pesantren Al-Muhajirin terus berusaha semaksimal mungkin untuk mengembangkan khazanah keilmuan, baik keilmuan agama maupun keilmuan umum.